上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了...

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问...

高中自然课女教师杰西卡（金·贝辛格 Kim Basinger 饰）被绑架了，幸好歹徒囚禁她的地方放置有一部老式的拨号电话。杰西卡慌乱之中随便拨了一个号码进行求救，她的求救电话打到了小伙子瑞恩（克里斯·埃文斯 Chris Evans 饰）的手机上。瑞恩一开始以为是恶作剧，但随后歹徒发现了杰西卡在向外求救，砸坏了电话。听到歹徒的吼叫和杰西卡惊呼，瑞恩才意识到事态严重。杰西卡在歹徒走后利用她的自然课知识...